Kojima Productions hat die Begegnungen in Death Stranding 2: On the Beach für drei gleichwertige Vorgehensweisen entworfen: Schleichen, direkten Kampf und das Umgehen über schwierigeres Gelände. Level-Design-Leiter Hiroaki Yoshiike erläutert den Ansatz in einem von GamesRadar veröffentlichten Auszug aus dem Interview der Edge-Ausgabe 411. Alle drei Wege sollen über das gesamte Spiel hinweg nutzbar sein.
Im ersten Teil sollten Gegner vor allem die Lieferung zwischen zwei Punkten unterbrechen. Für die Fortsetzung plante das Team zusätzliche Reaktionen auf die unterschiedlichen Handlungen. Die Gegner-KI soll damit mehr leisten, als Sam lediglich zu verfolgen. Edge beobachtete beim Anspielen zudem eine größere Sichtweite der Gegner und die Bereitschaft, Geräuschen auch über längere Strecken nachzugehen.
Hideo Kojima beschreibt den stärkeren Kampffokus in einem weiteren veröffentlichten Auszug aus demselben Interview anhand des Wechsels von Alien zu Aliens. Da die Welt und ihre Bedrohungen bereits bekannt seien, solle der Ausbau der Gefechte der Fortsetzung eine andere Dynamik geben. Die Filmanalogie erklärt seine gestalterische Absicht.
Auch das Erzählkonzept hatte Kojima nach den Erfahrungen der Pandemie überarbeitet. Dabei ging es um die Nachteile ständiger digitaler Vernetzung und die Frage, welche persönlichen Begegnungen dadurch verloren gehen.