Das Entwicklerteam von Assassin’s Creed Shadows hat sich in einer mehrseitigen Botschaft bei der japanischen Community entschuldigt. Man erkenne an, dass einige Elemente des Werbematerials in Japan für Unmut gesorgt hätten, und bitte dafür aufrichtig um Entschuldigung.
Das im Japan der Sengoku-Zeit angesiedelte Rollenspiel stand in Teilen der japanischen Öffentlichkeit in der Kritik. Ein Streitpunkt war die Darstellung des historischen Yasuke, eines Mannes afrikanischer Herkunft im Dienst von Oda Nobunaga, den das Spiel in voller Samurai-Rüstung zeigt. Kritiker bemängelten zudem einen als ungenau empfundenen Umgang mit historischen Details.
Ubisoft betonte, das Spiel sei als unterhaltsame historische Fiktion im feudalen Japan konzipiert. Das Team habe eng mit externen Beratern, Historikern und Forschenden sowie mit dem internen Team von Ubisoft Japan zusammengearbeitet und werde den Titel bis zum Verkaufsstart weiter überarbeiten. Der Verkaufsstart war zuvor bereits verschoben worden.